La preparación de las obras de consolidación de los muros exteriores de la ciudad tuvo como resultado la demolición de un número grande de edificaciones. Como era de esperarse, en el plan de demolición que hicieron los expertos venecianos fueron incluidas varias iglesias, Así, cerca del año 1577 fue demolida la iglesia de San Espiridón de Koukounaria, que se alzaba cerca del cementerio judío y que había custodiado durante varios años las santísimas reliquias del santo. En esa iglesia, cuyo rastro se ha perdido completamente, San Espiridón realizó en Corfú su primer milagro, otorgándole la luz a los ojos del ciego Teodoro. Por mucho tiempo aquella iglesia fue un auténtico sitio de peregrinación. Los viajantes que pasaban frente a ella se persignaban y hablaban del prodigio realizado por su milagroso Protector.